Tout l'appareil est basé sur le confort du pilote, tout est organisé de façon à diminuer au minimum la tâche du pilote pour faciliter sa mission. Par rapport à celui des Mirage 2000 RDI ou D, le cockpit est même révolutionnaire.
Tout d'abord l'habitacle : le siège est incliné à 30 degrés vers l'arrière. Le pilote a donc une attitude très allongée qui lui permet d'encaisser des facteurs de charge verticaux encore plus importants, toujours pour éviter le voile noir. Cette inclinaison permet de réduire la hauteur de la colonne de sang, que le pilote doit pomper afin d'irriguer son cerveau. Cet effet s'ajoute à celui de la combinaison anti-g pour protéger l'équipage contre la perte de connaissance lors de manoeuvres serrées. L'inclinaison de son siège confère donc au Rafale un avantage décisif en combat aérien.

Organisation et éléments du cockpit :
L'inclinaison du siège impose une conception très innovante de l'ensemble de la cabine. Son assise relevée vers l'avant a permis d'opter pour un mini-manche situé à main droite. Le Rafale rejoint en cela le F16 qui possède également un manche latéral. Cette formule dégage la partie centrale de la planche de bord de tout obstacle visuel. A sa gauche, le pilote dispose d'une unique manette des gaz commandant les deux moteurs M88-2. L'ergonomie de la manette est étudiée pour optimiser la prise en main et faciliter l'accès aux différents boutons de commande. Autre originalité, cette manette est solidaire d'une petite plate-forme où le pilote peut reposer son avant-bras, et qui suit la manette dans ses mouvements.

La visualisation tête moyenne sort nettement de la planche de bord. Elle offre une image élargie comparable à celle de la visu tête haute: 20° par 20°. Hormis les écrans tactiles à cristaux liquides, que le pilote peut aussi utiliser au moyen d’un curseur dirigé par un poussoir-trackball disposé sur la manette des gaz, il n’y a rien sur le tableau de bord.
En application du concept 3M (Mains sur Manche et Manette, ou concept HOTAS), radios, centrales de navigation, radar ou sélection de l’armement se commandent à partir des multiples poussoirs et boutons (36 fonctions différentes) du mini-manche latéral et de la manette des gaz unique. De chaque coté, une visu latérale principale et deux écrans LCD secondaires permettent de contrôler l’état des système de l’avion.

Un challenge technologique a consisté à intégrer la liaison 16 (MIDS) aussi bien dans le Rafale que dans l'Awacs ou le centre de détection. Le pilote pourra ainsi disposer sur sa VTM d'une piste détectée à 200 ou 300 nautiques par un autre radar et aura donc la possibilité de mener son interception en restant absolument discret. En retour, le centre de contrôle recevra les détections du chasseur et ce qu'il lui reste de pétrole ou d'armements. Interopérable au niveau Otan, la liaison 16 demande de multiples tests et un très gros investissement coté télécommunications.

L'inclinaison choisie a conduit au développement d'un siège spécifique au Rafale : le Mk16 de Martin Baker. Contrairement aux autres sièges, le réglage en hauteur s'effectue verticalement et non suivant l'axe du dossier. Une telle solution aurait effectivement éloigné des commandes et des visualisations de la planche de bord les pilotes de petite taille.

Sur la planche de bord, de larges écrans écrans à cristaux liquides remplacent les cadrans traditionnels. Avec le Rafale, ces écrans sont de plus tactiles. Outre la présentation des informations de pilotage et de conduite de vol, ils permettent à l'équipage de dialoguer avec son système par simple effleurement de l'image.

Le VTM ou visualisation tête moyenne est collimatée à l'infini, ce qui autorise les transitions rapides sans fatigue entre l'intérieur de la cabine et le monde extérieur. Cette caractéristique permet aussi d'agrandir considérablement la surface apparente de l'image, et de présenter un plus grand nombre d'informations.
Deux écrans latéraux couleurs encadrent le VTM. Entièrement reconfigurables en cas de panne ou à discrétion de l'équipage, ces écrans présentent les informations systèmes (radio,navigation,IFF,etc...), l'état de l'avion, de ses équipements et de ses moteurs. Ils permettent également l'affichage des informations capteurs (infrarouge, pod de désignation laser, radar, etc...)
Comme sur le Mirage 2000, la VTH (en anglais HUD) ou Visualisation Tête Haute est collimatée à l'infini, de sorte que le pilote que le pilote voit la symbologie superposée au monde extérieur, avec l'oeil accommodé sur ce dernier. Mais le VTH du Rafale est holographique, ce qui en fait un miroir pour la longueur d'onde du canon vidéo et une lame transparente pour toutes les autres couleurs. Un tel traitement du verre donne à la VTH un excellent contraste et procure à l'équipage un meilleur confort visuel.

Pour le combat à vue, le pilote du Rafale dispose d'un casque bien particulier : le viseur-visuel de casque TopSight.
Développé en coopération par Sextant Avionique et Intertechnique, le VVC peut entrer en action en finale d'interception, avant même l'engagemet du combat et la mise en oeuvre de l'armement à courte portée. L'apport du VVC en air/air est essentiel, car il permet au pilote de désigner des éléments extérieurs dans un domaine angulaire important et d'entrer le premier en contact visuel avec l'adversaire. Un tel atout est souvent décisif en combat aérien, où celui qui voit l'autre prend l'avantage d'entrée.

Le VVC TopSight, destiné au Rafale est composé essentiellement d'un casque intégral, dans lequel les informations sont présentées au pilote par projection sur la visière. Le principe est le même que celui du viseur tête haute, à cela près qu'il est nécessaire de détecter la position de la tête du pilote, pour passer du référentiel avion au référenciel VVC et réciproquement.
Le pilote oriente sa tête vers la cible qu'il vise, afin de renseigner le système d'armes sans avoir à diriger le nez de l'avion vers l'adversaire. Cette manoeuvre permet l'accrochage rapide d'un missile air-air sur la cible, autre atout décisif en combat aérien, où celui qui tire le premier remporte souvent la victoire.
Pour l'acquisition visuelle, le système de l'avion indique au pilote la ou les directions des cibles détectées par les différents capteurs de l'avion. Les informations sont directement présentées au pilote.
En version biplace, la communication visuelle permet implicitement une utilisation entre le pilote et l'officier système d'armes. D'autres informations en provenance du système avion, telles que des aides au pilotage et des alarmes systèmes, peuvent aussi être présentées à l'équipage.
Ainsi, même hors du champ du VTH, qui reste évidemment l'instrument principal de pilotage, le pilote peut disposer d'informations essentielles sur sa trajectoire et sur l'état de sa machine, tout en conservant le visuel de sa cible.
Ce casque devrait être aussi équipé d'une commande vocale. Enfin, une alarme vocale permet aux pilotes d'entendre la voix de Yolène de la Bigne, chroniqueuse à France Info, leur annoncer par exemple « bingo fuel » ou « trop lent ».

Conçu par le service d'étude et d'approvisionnement du commissariat de l'air en coopération avec le Centre d'expériences aériennes militaires, ce nouveau gant est destiné à s'adapter aux écrans tactiles du Rafale.
Taillé dans une peau fin et souple, il ne présente pas de couture en bout de doigt afin de favoriser la sensibilité tactile et est doublé de soie pour le confort et la facilité d'habillage.
Par ailleurs, il est garni d'une peau de chamois sur le dos des doigts dans le but de nettoyer les écrans, et d'un dessus de main en maille thermostable destiné à éponger le visage du pilote.